Sistem pengajian di maahad ini menggabungkan sistem pengajian tahfiz dan akademik. Sebanyak 70 peratus dari masa perdana diperuntukan untuk Al-Quran dan 30 peratus adalah untuk subjek akademik. Dalam usaha pemantapan ilmiah para pelajar maahad menggunakan sukatan pelajaran sendiri berpandukan kepada objektif Yayasan Ar-Raudhah.

Pelajar yang terpilih memasuki maahad akan mengikuti pengajian selama lima tahun diperingkat menengah , yang berumur antara 13 tahun hingga 17 tahun dan tahun terakhir pelajar akan menduduki peperiksaan Sijil Pelajaran Malaysia.